Актуальность. Системные изменения сферы образования, происходящие под влиянием цифровой трансформации, обусловливают разработку методологии исследования процесса трансформации в контексте постнеклассической научной парадигмы. Цель состоит в обосновании методологических оснований исследования, ориентированного на качественное изучение педагогической реальности с последующим применением сценарного прогнозирования. Методы: анализ (теоретический, дискурсивный), ранжирование результатов опроса преподавателей (N = 800) университетов и институтов, принимающих  участие в реализации образовательных программ подготовки педагогов (Волгоград, Вологда, Москва, Омск, Санкт-Петербург, Саратов, Тобольск, Ульяновск), обобщение. Основные результаты. Трансформация рассмотрена как системное обновление сферы образования, развивающееся под влиянием внешних факторов. Представлена методологическая рамка исследования трансформации сферы образования, обусловленная особенностями современного этапа развития науки, «новой» ролью и ответственностью субъекта исследования, опытом проведения коллективных исследований и контекстностью протекания трансформационных процессов в разных вузах. Показано, что изучение трансформации педагогического образования невозможно в отрыве от исследований трансформации общего образования. Обосновано, что трансформация педагогического образования может быть изучена с позиций феноменологического подхода, позволяющего выявить объективные и субъективные характеристики педагогической действительности. Педагогическое образование рассматривается как самоорганизующаяся социальная система, обладающая неустойчивостью и динамичностью, что вызывает необходимость реализации в исследовании принципа участия всех субъектов, заинтересованных в выработке решений, затрагивающих их судьбу. Это предполагает также использование гуманитарной экспертизы и сценарного прогнозирования. Изучение практики трансформации в конкретном контексте позволяет выбрать сценарий (аналоговый, адаптационный, инновационный) и построить проспективную оценку выбранного варианта. Выводы. Методология исследования трансформации высшего педагогического образования, основанная на феноменологической рефлексии, реализуется приоритетно с использованием методов качественного анализа, предусматривает ответственность исследовательского коллектива за научные результаты и их интеграцию в деятельность научного сообщества, должна быть адаптирована к условиям проведения исследования в конкретном вузе. Практическая значимость. Методология актуальна при построении коллективных исследований и исследовательских программ трансформации педагогического образования в различных вузах.